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1	855316	855316	C	CAT	143	PASS	ENSG00000228794	ncRNA_exonic	ENST00000445118	.	.	.	AC=2;AF=1;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=32.78;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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1	121391655	121391655	T	TA	121.73	PASS	ENSG00000230806	ncRNA_intronic	ENST00000437515	.	.	.	AC=1;AF=0.5;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.158;MLEAC=1;MLEAF=0.5;MQ=60;MQRankSum=0;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.222;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,14:51:99:159,0,791
1	121462658	121462658	G	GACAC	53.7	PASS	ENSG00000227082	ncRNA_exonic	ENST00000417218	.	.	.	AC=2;AF=1;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=26.85;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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12	53458286	53458292	CTTTCGT	C	85.73	PASS	ENSG00000257379	ncRNA_intronic	ENST00000547717	.	.	.	AC=1;AF=0.5;AN=2;BaseQRankSum=1.15;ClippingRankSum=0;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=1;MLEAF=0.5;MQ=60;MQRankSum=0;QD=21.43;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.916	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:72:123,0,72
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14	61682514	61682514	C	CA	20.74	PASS	ENSG00000258777	ncRNA_intronic	ENST00000557544	.	.	.	AC=2;AF=1;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=10.37;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:57,6,0
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14	61747211	61747211	A	AT	12413.7	PASS	ENSG00000100644,ENSG00000258964,ENSG00000258667	ncRNA_intronic	ENST00000554254;ENST00000555937	.	.	.	AC=2;AF=1;AN=2;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=32.5;SOR=0.769	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,382:382:99:12451,1148,0
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14	64218260	64218260	C	CT	33.71	PASS	ENSG00000140009,ENSG00000054654	intronic	ENST00000344113;ENST00000357395;ENST00000358025;ENST00000394768;ENST00000441438;ENST00000458046;ENST00000553289;ENST00000554584;ENST00000554805;ENST00000555002;ENST00000555022;ENST00000555612;ENST00000556275;ENST00000557084	.	.	.	AC=2;AF=1;AN=2;DP=1;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=33.71;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:70,6,0
14	64358031	64358032	GA	G	61.25	PASS	ENSG00000234911	ncRNA_intronic	ENST00000447107	.	.	.	AC=2;AF=1;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=20.42;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:98,9,0
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17	72493051	72493051	T	TA	28.71	PASS	ENSG00000227036	ncRNA_intronic	ENST00000453722;ENST00000457958;ENST00000580861;ENST00000581801	.	.	.	AC=2;AF=1;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=14.35;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:65,6,0
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19	52383993	52383993	T	TCAA	1401.73	PASS	ENSG00000221923	exonic	ENST00000422689	.	nonframeshift insertion	ENSG00000221923:ENST00000422689:exon4:c.413_414insCAA:p.I138delinsIN	AC=2;AF=1;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=32.45;SOR=2.165	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1439,96,0
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19	52393067	52393068	GT	G	124.73	PASS	ENSG00000269834	ncRNA_intronic	ENST00000601562	.	.	.	AC=1;AF=0.5;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=1;MLEAF=0.5;MQ=60;QD=13.86;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:4:107,0,4
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2	118847726	118847726	G	GTTT	58.73	PASS	.	upstream	ENST00000295206	dist=48	.	.	AC=1;AF=0.5;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=1;MLEAF=0.5;MQ=60;MQRankSum=0;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:49:96,0,49
2	118873748	118873748	G	GC	25.72	PASS	.	intergenic	ENST00000295206;ENST00000327097	dist=26070;dist=68418	.	.	AC=2;AF=1;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=12.86;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:62,6,0
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3	195997631	195997634	TGAA	T	316.74	PASS	ENSG00000231464	ncRNA_exonic	ENST00000411669	.	.	.	AC=2;AF=1;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=32.44;SOR=4.615	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:354,27,0
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3	196136396	196136396	C	CT	34.71	PASS	.	intergenic	ENST00000360110;ENST00000457079	dist=54207;dist=6240	.	.	AC=2;AF=1;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=17.35;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
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3	196145878	196145879	TG	T	56.25	PASS	ENSG00000224652	ncRNA_intronic	ENST00000457079	.	.	.	AC=2;AF=1;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=18.75;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:93,9,0
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3	196160672	196160672	G	GA	28.74	QD	ENSG00000224652	ncRNA_exonic	ENST00000457079	.	.	.	AC=1;AF=0.5;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=1;MLEAF=0.5;MQ=60;MQRankSum=0;QD=1.37;ReadPosRankSum=2.189;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,5:21:66:66,0,436
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5	480272	480273	AG	A	2133.73	PASS	ENSG00000225138	ncRNA_exonic	ENST00000534918	.	.	.	AC=2;AF=1;AN=2;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=29.99;SOR=1.382	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,58:58:99:2171,175,0
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6	165958741	165958747	AAGAAAG	A	144	PASS	ENSG00000112541,ENSG00000223414	ncRNA_intronic	ENST00000444465;ENST00000455853;ENST00000581850;ENST00000584179;ENST00000584911	.	.	.	AC=2;AF=1;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=28.86;SOR=3.258	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:181,12,0
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6	165973572	165973573	GA	G	101.92	PASS	ENSG00000112541,ENSG00000223414	ncRNA_intronic	ENST00000444465;ENST00000455853;ENST00000581850;ENST00000584179;ENST00000584911	.	.	.	AC=1;AF=0.5;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.68;MLEAC=1;MLEAF=0.5;MQ=60;MQRankSum=0;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.366;SOR=1.108	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:5:138,0,5
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6	165983067	165983067	C	CA	44.7	PASS	ENSG00000223414,ENSG00000112541	ncRNA_intronic	ENST00000444465;ENST00000455853;ENST00000581850;ENST00000584179;ENST00000584911	.	.	.	AC=2;AF=1;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=22.35;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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7	70675096	70675097	TC	T	24.72	PASS	ENSG00000158321	intronic	ENST00000342771;ENST00000406775	.	.	.	AC=2;AF=1;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=2;MLEAF=1;MQ=60;QD=12.36;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:61,6,0
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9	136726655	136726656	AG	A	378.73	PASS	ENSG00000233016	ncRNA_exonic	ENST00000447221	.	.	.	AC=1;AF=0.5;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0;MLEAC=1;MLEAF=0.5;MQ=60;MQRankSum=0;QD=21.04;ReadPosRankSum=0.797;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:416,0,188
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